Scholengroepen
De eigenlijke bestuursbevoegdheid hoort toe aan de 26 scholengroepen.
Aan het hoofd van een scholengroep staan een algemeen directeur, een raad van bestuur en een college van directeurs.
Elke scholengroep heeft bestuursbevoegdheid over alle instellingen van het GO! in een welbepaald gebied en omvat minstens een aantal basis- en secundaire scholen, een centrum voor volwassenenonderwijs en in de meeste gevallen ook een centrum voor leerlingenbegeleiding.
De raad van bestuur wordt om de vier jaar opnieuw samengesteld via verkiezingen. Op 1 april 2014 werden de huidige raden van bestuur verkozen en aangeduid. Zes leden worden rechtstreeks verkozen door de leden van de schoolraad. De rechtstreeks verkozen leden worden via coöptatie aangevuld met drie leden op voorstel van het college van directeurs. De algemeen directeur maakt deel uit van de raad van bestuur met raadgevende stem. De raad van bestuur wordt verkozen voor een periode van vier jaar.
Scholengemeenschappen
Scholengemeenschappen zijn vrijwillige samenwerkingsverbanden met vooral adviesbevoegdheid ten aanzien van de scholengroep. Alle tijdens het schooljaar 2013-2014 bestaande scholengemeenschappen hielden echter van rechtswege op te bestaan op 31 augustus 2014. Op 1 september 2014 werden nieuwe scholengemeenschappen gevormd voor een periode van zes schooljaren, d.w.z. tot en met 31 augustus 2020. Ook scholengemeenschappen die later (zij het steeds op 1 september) worden gevormd, lopen tot en met 31 augustus 2020.
Drie van de 38 scholengemeenschappen voor het basisonderwijs zijn netoverstijgend samengesteld (twee met het vrij gesubsidieerd onderwijs, één met het gemeentelijk onderwijs). Van de 34 scholengemeenschappen voor het secundair onderwijs werken er negen netoverstijgend, één met het provinciaal en het gemeentelijk onderwijs, zeven met enkel het provinciaal onderwijs en één met zowel het vrij niet-confessioneel als het provinciaal onderwijs.
In totaal zijn er momenteel dus 72 scholengemeenschappen actief binnen het GO!.