De Raad van het GO! (kort: Raad GO!) treedt op als de centrale inrichtende macht en niet als koepel, in tegenstelling tot de andere netten. Hij heeft de fundamentele opdracht de vrije schoolkeuze in Vlaanderen en Brussel te waarborgen. Samen met de afgevaardigd bestuurder bepaalt de Raad GO! het centrale beleid.
Koen Pelleriaux is de afgevaardigd bestuurder. Geert De Soete treedt op als voorzitter. Ann Van Driessche en Freddy Moreels zijn aangesteld als ondervoorzitters.
De Raad GO! bepaalt de strategische visie van het net, stuurt de hoofdlijnen en oefent controle uit. De Raad GO! vergadert zeswekelijks. De Raad GO! telt vijftien raadsleden, die hun mandaat voor vier jaar uitoefenen.
De Raad GO! beschikt over eigen administratieve en pedagogische diensten, die gevestigd zijn in het Huis van het GO!, Willebroekkaai 36, 1000 Brussel.